El programa SPARTANS-II se ha hecho público. Las historias sobre supersoldados repeliendo miles de ataques del Covenant se han convertido en leyenda. Pero ¿cuántos Spartans quedan?
Mientras el Jefe Maestro defiende un planeta Tierra asediado y el millar de facciones del Covenant prosigue su cruzada para eliminar a la humanidad, una célula ultrasecreta de la Oficina de Información Naval conocida como "Sección Tres" concibe un plan para darle al UNSC un tiempo vital. Pero necesitarán cientos de soldados dispuestos... y a un Spartan más para llevar a cabo el trabajo.
El planeta Onyx está virtualmente abandonado y es el lugar perfecto para poner en marcha este nuevo plan. Pero cuando el Jefe Maestro destruye Halo, algo sucede en las profundidades de Onyx: una antigua tecnología de los Forerunners despierta, y flotas del UNSC y del Covenant la reclaman para cambiar el rumbo de la guerra entre los humanos y el Covenant. Sin embargo, esta antiquísima fuerza que ha renacido podría tener planes propios...
