La obra está dividida en cuatro partes:
a) Scientia media
b) Scientia conditiota en la Nueva España
c) Imágenes e ideas. La axiología jesuita, minus probabilismus y Juan de Palafox y Mendoza
d) Dignificare turam y los signos de 10 sagrado.
Así, cuatro ideas básicas han guiado la composición de la obra: en primer lugar, al estudiar la ciencia media, encontraremos un medio de analizar e interpretar las fuerzas que aseguran el curso del mundo y la vida de los hombres, constituyendo el armazón de un sistema de valores.
En segundo, ahondar en determinados aspectos del problema de las relaciones entre visión jesuita, cultura de los siglos precedentes y Juan de Palafox y Mendoza, exhumando dos preciosos manuscritos escritos gran parte en latín, procedentes del archivo jesuita del antiguo Colegio del Espíritu Santo.
En tercer lugar, elucidar en dos direcciones fundamentales la aportación efectiva del pensamiento de los siglos XVI y XVII: los studia philosophica y las ciencias jurídicas, aprovechando un material que hasta el presente no ha sido utilizado: el del archivo jesuita antes citado, el de la Biblioteca Palafoxiana, la nacional de Madrid y la zacateca.
Y en cuarto lugar, subrayar (sobre la base de cinco ensayos) la interacción entre doctrina intelectual, pasado histórico, vida religiosa y vida civil en una historia general de la cultura. Todo el trabajo de conjunto nos ayuda a entender ese amplísimo movimiento cultural, capitaneado por los jesuitas, que entró en ´escuela´ a través de un lenguaje nuevo y del descubrimiento de otro tipo de relaciones.
Si es absurdo pensar en una filosofía novohispana desvinculada de la religión, no menos peregrino es ignorar que esta filosofía que se centra en Suárez, es una reflexión, que surge alrededor de nuevas inquietudes, que pronto tendrá sus desenlaces. Por lo mismo, estos textos se refieren también a aquellos factores y elementos susceptibles de ser abstraídos del propio proceso histórico.
Sólo quien haya intentado ocuparse alíticamente de temas como el que acometo puede comprender las dificultades que rodean al investigador. De ahí el esfuerzo en la explicación de la unidad de la cultura, en la diversidad, en lo permanente y en 10 novedoso, en los cambios de énfasis y de interés, según resulte de la lectura del trabajo.
Todas estas vertientes teológico-filosóficas de trabajo historiográfico, del estrecho nexo entre teología, filología, filosofía y del objetivo (a través de la exhumación-traducción de manuscritos y textos) de reconstruir el movimiento real de las ideas, encuentran en algunas de las partes matizaciones y precisiones que pueden ayudar a entender el cuadro de conjunto.