El Colegio Seminario de Indios de San Gregorio fue fundado por los jesuitas para la educación de hijos de caciques y principales indios en 1586. Este colegio fue una institución importante para los pueblos indios de la ciudad de México y del centro de la Nueva España por proveer a sus hijos de herramientas para el conocimiento y la práctica como gobernantes de sus pueblos. La forma en que la Compañía de Jesús dirigió este colegio hizo de él un medio de definición de la indianidad entre los indios del centro de México. En este trabajo se presenta la historia de esta institución desde su fundación en 1586 hasta su desaparición total en 1856 analizando cómo se convirtió en un medio de creación de la identidad india o indianidad así como en un referente identitario entre las repúblicas de indios de la ciudad de México y pueblos de indios aledaños circunscritos en el centro de la Nueva España. Se discute, asimismo, cómo el ser ´indio´ pasa a ser parte del discurso de caciques y principales indios de la ciudad de México a principios del siglo XIX en el contexto de la defensa desesperada del colegio como corporación india ante el embate liberal. Creemos que este trabajo puede ser de interés para lectores interesados en la etnohistoria, la historia de la educación así como el desarrollo de identidades en México.