El pez en el agua contiene, en capítulos alternos, las memorias de dos etapas decisivas de la vida de Mario Vargas Llosa: la época de su infancia en que se le comunicó que su padre no había muerto, sino que estaba separado de su madre, y por otra parte la campaña presidencial peruana que concluye en 1990 con otro viaje a Europa, que debe dar inicio a una nueva etapa de la vida del autor.