Tras el descubrimiento de América, San Francisco continuó siendo u tierra desconocida durante un periodo sorprendentemente prolongado. Unos cuantos exploradores europeos, entre ellos el portugués Joao Cabrilho y el inglés sir Francis Drake, surcaron de norte a sur las aguas de todo el litoral californiano en el siglo XVI, pero ninguno divisó la bahía que se ocultaba tras el estrecho Golden Gate. No fue hasta 1769 cuando los primeros extranjeros atisbaron lo que hoy es San Francisco, a partir de esta fecha el área fue colonizada rápidamente por los españoles. En 1821, cuando México declaró su independencia de España, pasó a formar parte del territorio mexicano.
