Raíz y razón de Zapata fue publicado por primera vez en 1943. Este estudio marca el inicio de las investigaciones más cuidadosas y profundas del zapatismo. Con el análisis de los documentos conservados por los campesinos cercanos a Zapata, Sotelo Inclán reconstruye la historia del pueblo de Anenecuilco, al que ubica como protagonista medular de la lucha agraria sureña, además, analiza la organización de los calpulli y la forma en que era elegido el jefe o calpuleque. Tomando como referencia a Alonso de Zorita, Sotelo Inclán hace un estudio muy amplio de esta organización prehispánica que vuelve a funcionar cuando las comunidades indígenas pierden toda capacidad jurídica para defender sus tierras. El autor sigue minuciosamente el hilo conductor de la historia, hasta llegar a la elección de Emiliano Zapata en 1909 como calpuleque.